Da krigen mod preusserne nærmede sig, blev han genindkaldt oktober 1863. Han skulle møde på Holbæk kasserne. Herfra marcherede han og de øvrige soldater til Sorø, hvor de kørte med tog til Korsør.
Fra Korsør sejlede de til Flensborg. Herfra marcherede soldaterne de godt 50 km til Dannevirke. Niels Petersen var med i
… slaget ved Mysunde 2. februar,
… tilbagetoget fra Dannevirke
… belejringen af Dybbøl
… slaget 18. april
Han blev hjemsendt i august 1864
Erindringsmedalje, som Niels Petersen fik, senere - i 1927 - fik han også Dannebrogsordenen
Manddom og Alderdom
Hjemme ventede Ane Kirstine. De beholdt de tre tønder land i et par år, men købte herefter en lidt større ejendom på Niløse Holm. Efter nogle år her købte de så en gård i Munkebjergby. Niels Petersen var altså en god landmand og drev det vidt for så vidt som han steg i det sociale hieraki fra husmandssøn til gårdejer.
Han og Ane Kirstine fik 4 børn: 1 søn og tre døtre. Den ene døde som spæd og sønnen, da han var 21 år.
De boede til sidst hos deres datter og svigersøn, savværksejer J. Rebien på Orebo savværk.
Børnene hed
Christiane, født 18. dec. 1962, 8½ mdr. efter brylluppet.
Christian Vilhelm Pedersen, født 15. oktober 1865. Død som 21 årig
Dorthea, født 17. dec. 1867
Kristine, født 30. juni 1872, død inden kirkedåb.